En 1993, 40 indígenas de la organización ARIC (Asociación Rural de Interés Colectivo) Independiente y Democrática, entre ellos 8 mujeres iniciaron su primer curso de capacitación en derechos humanos con el objetivo de conocer y defender sus derechos políticos en una coyuntura electoral. 

En 1994 al iniciar el conflicto armado, entre el gobierno federal y el Ejército Zapatista de Liberación Nacional el Municipio de Ocosingo, la zona selva, formaba parte de la zona de conflicto. En su estrategia de combate el Ejército mexicano tomó el control de la cabecera y cometió graves violaciones a los derechos humanos. En ese momento empezamos a trabajar en la defensa de nuestros derechos y los de la población civil que eran amenazados y señalados por el Ejército. Fue así como el Comité de Derechos Humanos nació con el apoyo de la misión dominica en Ocosingo, acompañados por compañeras y compañeros del Centro de Derechos Humanos Fray Francisco de Victoria en la ciudad de México y el Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de las Casas en Chiapas.

Fue entonces que desde el año de 1994 a 1999 nuestro trabajo se concentró en la formación de promotoras y promotores de derechos humanos que pudieran promover y defenderlos junto con sus organizaciones sociales o bien  autoridades comunitarias ya que la militarización en la zona trajo como consecuencia que el ejército incursionara en los poblados, interrogara y detuviera gente, instalara retenes ilegales e intimidara a la población.

En 1998, la estrategia de contrainsurgencia se endureció y el gobierno federal y estatal implementó diferentes estrategias en la zona de conflicto, una de ellas fue incursionar en los Municipios Autónomos Zapatistas y desmantelarlos. En el desmantelamiento al Municipio Autónomo Flores Magón fueron detenidos 5 miembros del Comité, 3 de ellos permanecieron 17 meses en la cárcel, con irregularidades graves en su proceso judicial. Este acontecimiento puso en riesgo la continuidad del proceso organizativo del Fray Pedro. Sin embargo, los promotores y el equipo de trabajo decidieron seguir adelante y el 30 de abril de 1999 con la finalidad de fortalecer la propuesta acordamos constituirnos como Asociación Civil.

El Comité cuenta con la presencia de 47 socias y socios fundadores: 37 promotoras y promotores de 3 regiones que habían concluido su Curso Básico de formación en Derechos Humanos, y 10 asesoras y asesores externos. En la Asamblea General de la Asociación Civil se propuso animar la continuidad del proceso aún con las situaciones adversas del contexto en el conflicto armado interno. A partir de entonces empezamos a incorporar en los programas de educación diferentes temáticas como la perspectiva de género, los derechos económicos sociales, culturales y ambientales, la migración y soberanía alimentaria, en un esfuerzo por reflexionar y actuar frente a una realidad dinámica pero también cambiante.

Reconocemos que el proceso de institucionalización ha permitido que la experiencia y conocimiento de promotoras y promotores se fortalezca a través de programas educativos para especializarse en diversas temáticas. Continuamos formando promotoras y promotores en diversas zonas y regiones, hemos llevado a la práctica experiencias de participación entre hombres y mujeres para fortalecer y cuidar el tejido social comunitario.

Nos alegra contar con una red de promotoras y promotores, alianzas inter-institucionales con organizaciones civiles que trabajan en la zona y un trabajo que día a día aporta a la construcción de la paz.

Actualmente el Comité cuenta con un equipo coordinador integrado por compañeras y compañeros indígenas de 5 regiones de las cañadas de Ocosingo y 4 áreas de trabajo a través de las cuales implementamos las estrategias de acción: Educación y género, Asesoría y Transformación de Conflictos, Agroecología y Jóvenes y Migración.